Édifiée au XVIIIème siècle après le tremblement de terre de 1755, cette église se trouve vraiment tout près de la cathédrale. Elle a été élevée sur les restes de l’ancienne église (il reste la crypte à laquelle on accède en traversant la sacristie ornée d’azulejos) elle même construite à l’emplacement de la maison natale de Saint Antoine de Padoue (d’où son baptême à la cathédrale et le baptistère qui en fait mémoire).
Né en 1195 à Lisbonne et mort le 13 juin 1231 près de Padoue, Saint Antoine est un grand saint (docteur de l’Eglise), maître de doctrine spirituelle, prédicateur de renom et thaumaturge, qui fut canonisé en 1232, moins d’un an après sa mort. Saint Jean-Paul II est venu honorer Saint Antoine dans cette église en 1982.
La nouvelle église construite après le tremblement de terre de 1755 a été financée par les aumônes recueillies par les enfants de Lisbonne qui demandaient aux passants : » une petite pièce de monnaie pour Saint Antoine ».
Une messe est célébrée dans cette église chaque jour de semaine à 17 heure.